Директор по дизайну Radical Entertainment Мэтт Армстронг (Matt Armstrong), рассказывая о способностях протагониста в игре Prototype 2, упомянул несколько любопытных деталей. В навыках Хеллера и Мерсера будет определенное сходство. Новый герой также сможет поглощать органические объекты, получая их силу, внешность и память. Но появилось и кое-что новое. Вирусные щупальца позволят хватать жертв на расстоянии. Также некоторые враги могут быть превращены в живые бомбы. Но самым оригинальным навыком стал Вожак Стаи (Pack Leader). При помощи этой способности Хеллер сможет призвать мутантов, которые станут сражаться на его стороне.